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La propagation de la pandémie de Covid-19

La situation sanitaire depuis 2022 (IV)

Effets des variants Delta et Omicron

Le 4 novembre 2021, Hans Kluge, directeur régional de l'OMS pour l'Europe, déclara que l'Europe était à nouveau "l'épicentre" de la pandémie de Covid-19. Il estimait qu'au rythme actuel de propagation du virus (+6% par rapport à la semaine antérieure et +55% en quatre semaines), jusqu'à 500000 Européens pourraient mourir de la Covid-19 d'ici février 2022 si rien n'était fait pour limiter la nouvelle vague épidémique.

Dans un communiqué de presse publié le 23 novembre 2021, l'OMS estima qu'il pourrait y avoir 700000 morts supplémentaires liés au Covid-19 d'ici au printemps 2022, portant le nombre total de décès à 2.2 millions de morts en Europe et à près de 6 millions de morts dans le monde. En cause selon l'OMS, la prévalence du variant Delta, plus contagieux, l'assouplissement des mesures anti-Covid-19 et une couverture vaccinale insuffisante dans beaucoup de pays.

Evolution des cas de contamination par le SARS-CoV-2

en Europe, ECDC

(Cas notifiés pour 100000 habitants moyennés sur 14 jours)

Juillet 2020

(2e vague)

Septembre 2020

Janvier 2021

(3e vague)

Juillet 2021

(4e vague)

Janvier 2022

(5e vague)

Juillet 2022

(6-7e vagues)

Depuis, le variant Omicron et ses sous-variants ont largement amplifié la vague épidémique, multipliant par 4 le nombre de cas de contamination dans le monde par rapport aux vagues précédentes (voir l'incidence ci-dessous).

Heureusement, grâce à une viligence toujours de rigueur en Europe, la prédiction de Hans Kluge ne s'est pas confirmée bien que les compteurs continuaient d'augmenter. Le 1 novembre 2021, à l'époque de l'alerte de l'OMS, on recensait 5 millions de décès liés au Covid-19 et le 7 mars 2022, il y en avait 1 million de plus. En parallèle, les variants du SARS-CoV-2 continuaient à se propager tout en mutant.

Les vagues épidémiques liées au sous-variant BA.2 d'Omicron

Selon le CDC américain, en janvier 2022, le sous-variant BA.2 d'Omicron était encore peu présent aux États-Unis, mais les cas ont rapidement augmenté. Entre le 30 janvier et le 5 février, le sous-variant BA.2 représentait environ 1% des nouveaux cas enregistrés. Cette proportion est passée à environ 7% fin février 2022, puis à près de 14% début mars. Entre le 6 mars et le 12 mars 2022, BA.2 représentait environ 23.1% des nouveaux cas de coronavirus aux Etats-Unis. Au cours de la même semaine, BA.1 représentait 10.8 % des cas et BA.1.1 les 66.1% restants. Depuis, les cas de BA.2 ont continué à se multiplier aux États-Unis, mais il n'a pas encore éliminé les autres variants d'Omicron.

Un scientifique place des tubes à centrifuger coniques contenant des échantillons positifs d'un nouveau variant du SARS-CoV-2 dans un agitateur dans un laboratoire de séquençage du Wellcome Sanger Institute, en Grande-Bretagne, le 12 mars 2021. Document Dylan Martinez/Reuters.

En revanche, dans d'autres pays dont les Philippines, l'Inde, le Danemark, Singapour, l'Autriche et l'Afrique du Sud, BA.2 a rapidement dépassé BA.1 et était devenu le sous-variant dominant en janvier 2022. Au Danemark, le 23 janvier 2022, le temps de doublement de BA.2 était de ~4 jours (contre 1.5 à 3 jours pour le BA.1 d'Omicron à l'époque de sa découverte), ce qui n'augurait rien d'encourageant (cf. le tweet de E.Feigl-Ding).

Le 18 mars 2022, le sous-variant BA.2 était également dominant au Luxembourg (cf. Wort) et est en bonne voie de devenir le variant dominant en Europe.

BA.2 semble se propager plus facilement que le variant Omicron original (cf. F.P. Lyngse et al., 2022; Gov.uk) et est 30% plus contagieux que BA.1 mais son effet sur la santé est assez faible avec moins d'hospitalisations.

Selon l'OMS, les infections précédentes par BA.1 semblent fournir une très bonne protection contre BA.2, "au moins pendant la période limitée pour laquelle des données sont disponibles". Une étude a également montré que la neutralisation des sous-variants par les vaccins actuels était efficace.

Certains experts redoutent une augmentation potentielle des cas de Covid-19 liés à BA.2 car on ne sait pas combien de temps dure la protection immunitaire. L'assouplissement des mesures de protection dont celle du port du masque depuis mi-mars 2022 pourrait également accélérer la propagation de BA.2. De plus, les taux de vaccination variables entre pays (et au sein même des grands pays) pourraient entraîner de nouveaux clusters de Covid-19 et une nouvelle vague épidémique.

Selon le CDC, le sous-variant BA.2 semble se propager plus lentement aux États-Unis que dans d'autres pays pour des raisons qui ne sont pas tout à fait claires.

En revanche, depuis la mi-mars 2022 la propagation de BA.2 en Chine a entraîné la pire vague de contamination depuis le début de la pandémie (cf. SCMP). Ainsi, le 13 mars 2022, les autorités sanitaires chinoises ont comptabilisé près de 3400 nouveaux cas de SARS-CoV-2 sur le continent, soit trois fois plus que la veille.

Selon le SCMP, "Cette vague épidémique survient alors que des cas sont signalés dans seize provinces ainsi que dans les mégapoles de Pékin, Tianjin, Shanghai et Chongqing". On rapporte également des contaminations à Shenzhen et un confinement partiel de ses 17 millions d’habitants.

Enfin, selon le SCMP, Shanghai et ses 26 millions d'habitants, ainsi que la ville portuaire de Qingdao, sont également aux prises avec une recrudescence de l'épidémie. La stratégie du "zéro Covid" montre clairement ses limites.

Sixième et septième vagues épidémiques en Europe durant l'été 2022

A partir de mars 2022 plusieurs pays ont allégé les mesures de protection sanitaire. En juin 2022, pratiquement comme aux États-Unis et ailleurs, tous les pays Européens avaient abandonné les mesures de protection sanitaire, du moins provisoirement car dès le mois de mai, les épidémiologistes ont annoncé qu'une nouvelle vague épidémique était prévue pour la fin des vacances d'été ou l'automne suite à l'émergence des sous-variants BA.4 et BA.5 d'Omicron.

Consulter l'évolution quotidienne de la pandémie via Google :

Belgique - France - Luxembourg - Italie - Allemagne - Royaume-Uni

USA - Brésil - Chine - Japon - Monde

Évolution de la pandémie de Covid-19 dans le monde entre le 21 janvier 2020 et le 14 septrembre 2022. Le pic majeur début 2022 est dû aux contaminations par le variant Omicron. Le pic suivant est lié au sous-variant BA.2 et la reprise en juillet est liée aux sous-variants BA.4 et BA.5 d'Omicron. Depuis, la régression d ela pandémie est continue. Document Google/JHU/NYTimes adapté par l'auteur. Voir aussi les courbes de l'ECDC et du New York Times.

En fait, cette nouvelle vague épidémique est arrivée plus tôt que prévu, sans doute du fait de l'assouplissement des mesures sanitaires. En effet, entre fin mai et mi juin 2022 selon les pays, le nombre de nouveaux cas de Covid réaugmenta dans plusieurs pays (Pays-Bas, Royaume-Uni, Belgique, Luxembourg, France, Allemagne, etc) avec un Ro > 1 et une augmentation des hospitalisations. On reviendra sur la gestion de la crise sanitaire de Covid-19.

Incidence

Selon les données du JHU, au 13 décembre 2021, dans le monde l'incidence, c'est-à-dire le nombre de cas confirmés moyennés sur 7 jours, était de 55.4 nouveaux cas de contamination par semaine pour 100000 habitants soit 55.4/100000 (contre 32/100000 le 1er juillet 2021). Il y avait toutefois d'importantes disparités entre pays et d'importantes fluctuations d'un mois à l'autre comme on le voit ci-dessous.

En raison de la prévalences du variant Delta ou Omicron selon les pays, entre le 13 décembre 2021 et le 23 janvier 2022, l'incidence moyenne dans le monde des nouveaux cas de contamination par jour est passée à 294/100000 par semaine soit près de 11 fois plus élevée que six semaines plus tôt. Mais on observa toujours de grandes disparités entre pays.

Conformément aux modèles, le pic de la vague Omicron survint en Europe continentale entre la mi-janvier et début février 2022 selon les pays. Comme d'habitude, le Royaume-Uni sortit de la vague fin janvier 2022, plusieurs semaines avant l'Europe continentale tout en conservant une indicence des cas de contamination deux à trois fois plus élevée qu'un mois auparavant.

En mai 2022, l'incidence en Europe était comprise entre 150 en Suisse, 243 en Belgique, 325 en France et 518 en Allemagne pour 100000 habitants.

Rappelons que le certificat Covid européen ou pass sanitaire entré en vigueur le 1er juillet 2021 ne sera plus obligatoire dès que l'incidence des nouveaux cas de contamination passera sous le seuil de 200/100000 moyennés sur 7 jours et en décroissance continue pendant au moins 7 jours.

Nouveaux cas de contamination par le Covid-19 par million d'habitants moyennés sur 7 jours entre le 28/29 janvier 2020 et le 12 septembre 2022. Depuis la mi-septembre 2022, la régression de la pandémie est significative avec une moyenne de -22% par rapport à la semaine précédente. Documents adaptés de Our World in Data. Vous trouverez le taux d'incidence par pays par 100000 habitants sur le site CoronaLevel.

A l'échelle du monde, rappelons que la barre du million de décès liés au Covid-19 fut franchie le 28 septembre 2020, la barre des 2 millions de décès le 16 janvier 2021, la barre des 3 millions de décès dont 1 million en Europe le 16 janvier 2021, la barre des 4 millions de décès le 8 juillet 2021, la barre des 5 millions de décès le 1 novembre 2021 et on franchit la barre des 6 millions de décès liés au Covid-19 le 7 mars 2022. Les compteurs augmentaient toujours mais plus lentement.

Dernières nouvelles

Au cours de la semaine du 5 au 11 septembre 2022, en moyenne dans le monde, le nombre de nouveaux cas diminua de 28% par rapport à la semaine précédente, mais avec tout de même plus de 3.1 millions de nouveaux cas signalés. Selon l'OMS, dans le Pacifique occidental et en Europe par exemple, on comptabilisa plus d'un million de cas supplémentaires. Dans le même temps, le nombre de nouveaux décès hebdomadaires baissa de 22% par rapport à la semaine précédente, avec plus de 11000 décès signalés. Seule l'Afrique signala une hausse de 10% des décès liés au Covid-19 bien que le coronavirus épargna relativement mieux ce continent que les autres.

Selon un communiqué de l'OMS publié le 27 octobre 2022, sur base des preuves actuellement disponibles, les experts estiment que le phénotype global des sous-variants BQ.1* et XBB* d'Omicron diverge suffisamment l'un de l'autre ou des autres variants d'Omicron avec des mutations d'échappement immunitaire supplémentaires, pour justifier la désignation de nouveaux variants.

Selon les experts, une "soupe" des sous-variants BQ.1.1 et XBB d'Omicron pourraient être à l'origine de la prochaine vague de Covid-19. C'est la raison pour laquelle dans la plupart des pays, les autorités sanitaires continuent de rappeler à leurs citoyens de respecter les gestes barrières et de porter le masque chirurgical dans les endroits très fréquentés, en particulier dans les transports en commun.

En guise de conclusion

En soi, plusieurs vagues épidémiques ne surprennent pas les épidémiologistes car pratiquement toutes les épidémies connaissent ce phénomène. Ainsi, la pandémie de grippe espagnole (grippe A due à l'Influenzavirus H1N1) qui sévit en 1918-1919 connut trois vagues durant 500 jours et fit entre 20 et 100 millions de morts. Il est aussi vrai que la comparaison à ses limites car si ce virus se transmet aussi par voie aérienne et par contact, la population était affaiblie après la Première guerre mondiale et les médias n'avaient pas le pouvoir qu'ils ont aujourd'hui. Mais autre temps autre moeurs.

Document UZ Leuven adapté par l'auteur.

Mais le fait qu'on subisse plusieurs vagues est inquiétant et décourageant car cela signifie que les mesures mises en place pour endiguer la propagation des variants ne furent pas respectées par une partie de la population. En effet, comme nous l'avons expliqué, en Belgique comme en France, des jeunes et quelques moins jeunes ont clairement dit aux journalistes ou lors de débats politiques télévisés qu'ils en avaient marre de porter le masque et n'ont pas respecté les règles imposées en été ! Le même comportement incivique fut observé dans les lieux fermés des universités, les soirées privées et lors de Rave party clandestines jusqu'en fin d'année 2020. Même désobéissance en 2021 où des inciviques se sont réunis dans des restaurants ouverts clandestinement, des lieux fermés ou dans des parcs publics malgré le couvre-feu ou ont non pas respecté les interdictions des réunions de groupe. Et cet incivisme ne concerne pas seulement la population mais également certains politiciens jusqu'aux plus hauts postes, y compris en France et au Royaume-Uni !

L'Europe compte parmi les régions du monde les plus touchées par la pandémie du fait que la densité de la population est élevée, la population est globalement plus individualiste, moins encline à respecter les consignes et même peu civique dans certains pays par comparaison avec l'Asie où le Viêt-Nam, le Japon, la Corée et Singapour parmi d'autres pays ont un taux de létalité très inférieur à celui observé en Europe.

Si on peut prédire l'émergence de plusieurs vagues épidémiques avec assez bien de précision (cf. G.Cacciapaglia et al., 2021), les modèles ne peuvent pas encore prévoir le comportement et notamment le manque de sens civique des populations, l'influence des minorités réfractaires aux mesures sanitaires, l'impact des réseaux sociaux et des rumeurs sur l'opinion des internautes et l'impact des grèves contre les mesures sanitaires sur les indécis qui peuvent sérieusement modifier les courbes. On reviendra sur l'impact des inciviques sur l'épidémie et sur la question éthique.

Malheureusement, il faut insister que tant que l'épidémie n'est pas localement éteinte et donc que l'incidence des nouveaux cas de Covid-19 reste au-dessus de 200/100000 habitants dans le pays, il va dans l'intérêt de tous et en priorité des personnes vulnérables et à risque de maintenir les mesures de protection sanitaire dans les endroits fréquentés et de rester vigilant dans le cercle familial, surtout en présence des enfants ou de personnes étrangères qui ne seraient pas encore vaccinées. En présence d'un virus très contagieux tel que le variant Delta ou Omicron, tant que toute la population n'est pas vaccinée et immunisée, le virus peut se propager et maintenir l'épidémie dans différents foyers.

Heureusement, grâce à la vaccination, le 14 septembre 2022 l'OMS déclara que la pandémie de Covid-19 était en régression partout dans le monde à l'exception de l'Afrique où le nombre de nouveaux cas augmenta encore de 10%. On reviendra en détails sur la gestion de la crise sanitaire de Covid-19 et sur la voie vers la fin de la pandémie.

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Cartes et données épidémiques et vaccinales

Coronavirus COVID-19 Global Cases, JHU CSSE

Evolution de la pandémie de Covid-19 : Be, Fr, Lu, It, Al, GB, USA, Br, Chine, Google/JHU

Covid vaccine tracker, Bloomberg

European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC)

Coronavirus Disease (COVID-19) – Statistics and Research, 2020

Statut de la pandémie de Covid-19, New York Times

Worldometers : Coronavirus

Our World in Data

Coronavirus Dashboard, Avi Schiffmann

Track Corona

HealthMap

Covid-19 Situation Reports, OMS

Eurosurveillance

Ressources

Hotline Coronavirus, ECDC

Publications sur les interventions sanitaires en cas de crise, OMS

Pandémie au Covid-19 : entretien avec Jean-François Guégan, INRAE, Le Monde, 2020

Water, sanitation, hygiene, and waste management for the COVID-19, OMS, 2020

A chronicle of SARS-CoV-2: Part-I - Epidemiology, diagnosis, prognosis, transmission and treatment, M.Kumar et al., Sep. 2020

A chronicle of SARS-CoV-2: Seasonality, environmental fate, transport, inactivation, and antiviral drug resistance, M.Kumar et al., Oct. 2020

Bill Gates: La prochaine épidémie ? Nous ne sommes pas prêts, 2015 (YouTube), 2015

La perte de biodiversité favorise la transmission des maladies, Philippe Grandcolas (YouTube), 2020

Les virus émergents, Institut Pasteur (YouTube), 2009

Dr. Virus and Mr. Hyde (extrait), TGA Production (YouTube), 2005.

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