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La faculté d'adaptation

Deux Discus. Document Amano Takashi.

Adaptation et accoutumance à l'eau (III)

Comment les poissons assurent-ils leur flottabilité et résistent-ils à la pression de l'eau qui peut atteindre plusieurs centaines de kg/cm2 dans les abysses ?

Disons en deux mots qu’ils font comme nous, ou presque ! Quand nous plongeons en piscine ou en mer, nous savons d’expérience que nos oreilles deviennent douloureuses au cours de la descente : la pression de l’eau devient supérieure à celle de l’air contenu dans l’oreille moyenne et déforme notre tympan. Pour y remédier nous devons compenser en soufflant dans notre nez tout en le pinçant avec les doigts, c'est la "manoeuvre de Valsalva" qui insuffle de l'air par les trompes d'Eustache. De cette manière nous équilibrons la pression interne avec celle régnant à l’extérieur et la douleur disparaît. 

A mesure que la profondeur et la pression augmentent, nous devons répéter cette manoeuvre plusieurs fois, surtout dans les 10 premiers mètres. Le même phénomène se produit lorsqu’on roule rapidement sur une route à forte dénivélation ou lors d’une baisse d’altitude dans un avion non pressurisé.

Les poissons procèdent de même à la seule différence qu’ils présentent une anatomie adaptée à leur milieu. Les poissons assurent généralement leur équilibre grâce à leur vessie natatoire. Cet organe est une glande génératrice et absorbante de gaz formant une poche ventrale. Elle se situe directement sous l’épine dorsale et agit comme une bouée à flottabilité variable; les gaz étant compressibles, ils changent donc de volume en fonction de la pression. Un poisson peut donc se stabiliser à n’importe quelle profondeur en agissant sur la quantité de gaz contenue dans sa vessie natatoire. Il peut aussi remonter en surface, mais à condition qu’il remonte à son rythme afin que son organisme ait le temps d’absorber l'excédent de gaz au cours de la remontée.

Cachalot juvénile photographié au large des Açores par George Karbus.

Les rares poissons qui n’ont pas de vessie natatoire gèrent moins facilement leur flottabilité. Le thon par exemple doit nager continuellement pour ne pas couler, les soles et autres gobies vivent sur le fond tandis que les requins et autres raies disposent d’un squelette cartilagineux très léger et d’un foie surdimensionné, riche en huile qui assure partiellement leur flottabilité. Malgré ces caractéristiques, les requins doivent en principe nager continuellement pour ne pas couler mais des plongeurs en ont trouvé assoupis à l’abri d’une cavité sans bouger.

En revanche, le cachalot bat tous les records. Ce cétacé qui est un mammifère dont le mâle peut mesurer 16 m de longueur et peser 41 tonnes peut rester en apnée durant 90 minutes et plonger jusqu'à 3500 m de profondeur.

Chez l’homme, un plongeur autonome (équipé de bouteilles d’air comprimé) qui remonte en surface doit expulser continuellement de l’air au cours de la remontée s’il ne veut pas voir ses poumons éclater. En pratique, il suffit que le plongeur déserre légèrement ses lèvres pour que l’excédent d’air soit expulsé naturellement. Il ne peut pas non plus remonter plus rapidement que ses bulles d'air au risque de subir un accident de décompression suite à la dilatation violente de l'azote dissous dans le système sanguin.

En parallèle, comme les poissons ou les autres mammifères marins (baleines, cachalots, etc.) un plongeur résiste très bien aux 5 bars de pression régnant à 40 m de profondeur où il ne ressent aucune gêne. Pourquoi ? Parce que notre organisme, en particulier les bras et les jambes sont composés de solides et de liquides qui sont insensibles à la pression; ils sont incompressibles. En revanche les os de notre squelette et les tissus peuvent se rompre ou se déchirer, comme la structure des sous-marins ou des fûts métalliques peut se déformer et se rompre sous la pression.

La faune et la flore océaniques

Grâce aux recherches en eaux profondes menées par l'Ifremer (Institut Français de Recherche en Mer), l'idée de l'uniformité des conditions de vie sous-marines à partir des observations de surface a fortement évolué. En effet, on a découvert que la vie s'organise principalement autour d'oasis de quelques mètres carrés à quelques centaines de mètres carrés, regroupant localement 100 kg de biomasse par mètre carré, 50 fois plus que dans la savane africaine ! La sélection des espèces s'y effectue en fonction des mécanismes biologiques plutôt que du milieu, très pauvre en ressources alimentaires.

La plus grande partie de l'océan est un monde sombre, froid et profond (environ 1 km) dont on connaît fort mal les formes de vie et de quelle manière elles survivent loin du Soleil et des eaux superficielles riches en nourriture. Dans les régions équatoriales la surface des océans est très chaude (30-56°C) mais dans les régions polaires, même les eaux peu profondes peuvent être glacées et sont souvent couvertes d'une épaisse couche de glace (2-3 m). Cette glace omniprésente peut être fatale, même pour les mammifères marins comme les baleines ou les phoques qui peuvent rester prisonnier d'un trou d'eau (ou d'air) cerné par les glaces.

A voir : Clione limacina, le Papillon de mer ou "Ange de mer", A.Semenov

Ouvert la nuit

Si certaines créatures terrestres vivent surtout la nuit, la faune des grands fonds et des abysses vit dans une obscurité permanente. De gauche à droite, une crinoïde (classe des Anthozoaires) Pennatulacée ou plume de mer, une crinoïde Neocrinus decorus photographiée à 420 m de profondeur au large de l'île de Grand Bahama, une colonie d'anémones et des anémones bioluminescentes (cnétophores). Documents Gordon J. Bowbric, Charles G. Messing/CNSO, K.L.Smith Lab/ Scripps Institution of Oceanography et domaine public.

Au fond des océans polaires comme dans le bassin Canadien Arctique, à ces températures glaciales s'ajoutent des pressions hydrostatiques très élevées qui peuvent dépasser 400 atmosphères (400 kg/cm2) dans les abysses. Les organismes vivants dans ces conditions doivent être d'habiles prédateurs ou être capables de survivre à de longues périodes de disette. Mais contrairement à leurs homologues vivant sur la terre ferme, les créatures marines ne peuvent pas hiberner.

On sait aujourd'hui qu'il n'y a pas de production de nourriture sur le fond des océans. Toute la nourriture vient donc de la surface et tombe sur le fond. C'est la contrainte principale pour les créatures qui doivent survivre dans cet environnement. On estime que moins de 10% (et souvent beaucoup moins) de la nourriture produite par photosynthèse en surface atteint le fond des océans, y compris le phytoplancton qui dérive au gré des courants et les algues qui recouvrent les glaces plongées dans l'eau.

La nourriture qui tombe sur le fond est généralement insuffisante pour assurer la survie des organismes. Cet apport de matière organique est très variable, le flux des particules atteignant le fond des océans oscillant entre 7 et 45 g/m² par an. L'activité bactérienne étant fortement liée à ces apports nutritifs, c'est toute la chaîne alimentaire qui doit profiter de cette sédimentation.

Cet apport énergétique tombant sur le fond des océans, il n'est donc pas étonnant de retrouver les espèces abyssales à proximité du fond, fouinant la vase en quête de nourriture et non plus en pleine eau. A ce jour, la créature la plus profonde jamais découverte fut observée à -8370 m. Elle survie sous une pression de plus de 800 atmosphères que même un sous-marin fait d'acier trempé serait incapable de supporter plus de quelques heures !

La diversité des niches écologiques sous-marines fut longtemps jugée uniforme. Grâce aux travaux menés par les océanographes, les scientifiques peuvent aujourd'hui identifier la faune des grandes profondeurs.

Les abysses. Document T.Lombry.

A plus de 5000 m de profondeur, la densité de la matière vivante reste élevée bien que le milieu devienne hétérogène et que les ressources alimentaires diminuent à mesure que l'on s'éloigne des continents.

La biomasse se divise en trois types d'individus, la méïofaune (dont la taille oscille entre 40 et 500 microns), la macrofaune (dont la taille est supérieure à 500 microns) et la faune de grande taille. La densité moyenne de la méïofaune est de l'ordre de 100000 à 500000 individus/m². Pour la macrofaune, on compte de 100 à 1000 individus/m². Quant à la faune de grande taille (échinodermes, crustacés, poissons, etc) son peuplement est très variable, pouvant atteindre plus de 10000 individus à l'hectare dans la mer de Norvège.

En 2002, Steven D'Hondt et ses collègues de l'Université de Rhode Island ont découvert qu'en moyenne chaque centimètre cube de couche sédimentaire océanique contenait des millions d'organismes unicellulaires ! Ils représentent jusqu'à 30% de la biomasse terrestre totale !

On estime également que chaque goutte d'eau de mer contient environ 100000 bactéries. Le défi actuel est de savoir si toute cette biomasse est vivante ou s'il s'agit essentiellement de cadavres mais dans tous les cas ces organismes ont produit le méthane et les sulfates que l'on trouve dans tous les océans du monde.

Il faut aussi noter que bien que les fonds océaniques sédimentaires abritent la plus grande densité de bactéries, les populations les plus actives se trouvent dans un lieu assez inattendu : les intestins des poissons abyssaux. En effet, de nombreuses créatures pélagiques des grands fonds et des animaux benthiques concentrent dans leurs tissus organiques une grande variété d'organismes qui les assistent dans leur activité nourricière. Ces bactéries installées dans leurs intestins produisent diverses enzymes qui dégradent la nourriture au bénéfice à la fois de l'animal et des bactéries. Actuellement les scientifiques étudient ces bactéries dans des milieux de culture pressurisés, afin d'en extraire des enzymes extrêmophiles capables de fonctionner dans le froid et à haute pression. On reviendra plus bas la symbiose entre la faune abyssale et les bactéries.

Parallèlement à ces études, les glaces Arctiques concentrent le sel. On y trouve des micro-organismes adaptés à des salinités très élevées qui survivent en surface dans des petites poches de saumures glacées. Leur étude permet de comprendre comment ces créatures s'adaptent au froid et à des milieux fortement salins plutôt qu'à haute pression. Quelle ne fut pas la surprise des chercheurs quand ils découvrirent que certains de ces organismes ressemblaient fortement à leurs cousins des abysses.

On constate ainsi que la vie a peuplé tous les étages de l'océan et toutes les eaux. Contrairement à ce que disent beaucoup d'auteurs peu informés, certains micro-organismes vivent sans difficulté dans l'eau presque stérile de la mer Morte (-397 m) en assurant la photosynthèse, appréciant le sel ou la potasse.

Ils sont halophiles au point d'apprécier une eau dont la salinité atteint 27%, huit fois plus que celle des océans (275 gr/litre contre 35 gr/litre dans l'océan Atlantique) ! Pour se protéger des rayons ultraviolets, ils se couvrent de bactériorubérine, une protéine pigmentée qui les colore en rouge.

Les formes de vie abyssales

Bien que le milieu abyssal soit hostile, il rassemble plus de 350 espèces animales, y compris des poulpes dont les tentacules sont palmées ou disposant de nageoires géantes pour optimiser leurs déplacements ou la chasse. Jusqu'à plus de 5000 m de profondeur, des chaluts ont prélevés des organismes gigantesques, des crabes araignées (Pycnogonide) et des crustacés (Galathées) de 20 cm d'envergure ou des bivalves (Calyptogena magnifica) de 30 cm de diamètre.

Plus bas encore, des chercheurs (cf. M.E.Gerringer et al., 2017; S.He et al., 2019) ont découvert des poissons-limaces (Pseudoliparis swirei) évoluant entre ~6000 et 7966 m de profondeur dans la fosse des Mariannes qui plonge à environ -10984 m au sud du Japon, et à 7500 m de profondeur dans la fosse d'Atacama (cf. U.Newcastle, 2018). 

Actuellement en dehors des microbes et du plancton, la vie complexe la plus profonde fut découverte dans la fosse des Mariannes. Au début des années 1950,les expéditions du Galathea ont permis de remonter des bernacles qui n'étaient pas censées vivre à plus de 10000 m de profondeur ainsi qu'une anguille Abyssobrotula galatheae vivant à 8370 m de profondeur dans la fosse de Porto Rico, un record absolu (cf. S.Ohashi et J.G. Nielsen, 2016).

Pour survivre dans l'obscurité et le froid des abysses, la faune a dû se spécialiser. Tous les prédateurs par exemple ont développé un éclairage de secours, conservant des bactéries photoluminescentes dans des appendices (Melanocetus ou poisson lanterne, Melanocetus johnsonii ou baudroie abyssale de Johnson) ou sous leur épiderme (Argyropelecus ou poisson hache). Cette surprenante adaptation se retrouve dans toute la faune, du poisson abyssal au zooplancton. Selon les spécialistes, ces signaux lumineux étant généralisés, ils pourraient également s'agir d'un moyen de communication.

A voir : ABYSSES: Voyage dans les profondeurs maximales, Balade Mentale, 2021

Les créatures des abysses

Melanocetus johnsonii ou baudroie abyssale de Johnson, 2018, Science

Frissons dans les abysses

Dans un milieu obscure où la température varie entre -1 et +5°C et la pression atteint plusieurs centaines d'atmosphères au centimètre carré vivent des créatures si horribles et si dangereuses que même le bon Dieu ne les reconnaîtrait pas ! Ci-dessus à gauche un Saccopharynx lavenberg et à droite un Chauliodus macouni ou poisson-vipère et trois autres images de l'espèce Chauliodus sloani 2, 3, 4. Ci-dessous à gauche un Argyropelecus affinis ou poisson ogre dont les dents sont tellement grandes qu'il est obligé de laisser sa gueule entr'ouverte. Au centre un cténophore et à droite un Melanocetus johnsonii ou baudroie des abysses, également appelé poisson-pêcheur dont la femelle est jusqu'à dix fois plus grande que le mâle (voir la vidéo ci-dessus). A voir certaines images on se demande si Alien est encore de la science-fiction... Heureusement ceux-ci n'ont pas le sang acide mais glacé ! Microphotographie de Micscape et Bruce Robison ainsi que Dave Wrobel/Aquarium de Monterey Bay.

La nourriture étant relativement rare dans les abysses, la gueule des poissons abyssaux est devenue une arme redoutable. Ainsi les dents de la baudroie sont acérées et reculées dans sa gueule de façon à bien maintenir sa proie. La gueule de l'Eurypharynx et du Chauliodus sloani (poisson vipère) est hypertrophiée et deux dents très acérées pointent en avant, de véritables vipères des abysses. Tout progrès a cependant son revers. Pour les prédateurs, la lumière présente dans les abysses signifie qu'il y a de la vie et donc de la nourriture. Les animalcules photolumineux sont donc des proies faciles et nous serions tenté de leur dire : pour survivre vivez cachés.

Au-delà de 500 m de profondeur l'effet de la pression conjugué à la subsistance ont conduit ces organismes à ralentir toutes leurs fonctions métaboliques, la respiration et les mécanismes enzymatiques. Requins, raies et calmars par exemple ont perdu leur agilité et évoluent lentement sans faire trop d'efforts. Le calmar géant, en particulier préfère se laisser couler en manger le poisson qu'il capturé que de se maintenir à niveau. Même chose pour le Coelacanthe qui évite tout geste superflu et semble vivre au ralenti.

Plusieurs types de bâtonnets pour percevoir les couleurs dans les abysses

Dans les océans, au-delà de 180 mètres de profondeur, seule la lumière bleue éclaire encore l'environnement mais ponctuellement, notamment grâce aux espèces bioluminescentes, ci et là on peut apercevoir des taches de lumière et de couleurs. Les océans deviennent totalement obscurs à partir d'environ 1200 mètres de profondeur.

Dans un article publié dans la revue "Science" en 2019, l'équipe de Zuzana Musilova de l'Université de Bâle en Suisse a annoncé avoir découvert un système de vision jusqu'alors inconnu chez certains poissons abyssaux.

Nous avons expliqué à propos des facultés sensorielles que la rétine des yeux des vertébrés, poissons compris, dispose de 2 types de photorécepteurs : les cônes et les bâtonnets qui ensemble utilisent 4 types d'opsines. Les bâtonnets présents chez 99% des vertébrés interviennent dans la vision nocturne. Mais l'équipe de Musilova qui a étudié les yeux de 101 espèces de poissons, a constaté que 13 espèces disposent de plusieurs gènes exprimant l'opsine dans leurs bâtonnets. Quatre espèces disposent même de plus de 3 gènes pour exprimer cette protéine. Le record est détenu par la dirette argentée (Diretmus argenteus) présentée ci-dessous à gauche qui possède pas moins de 38 types de bâtonnets ou de rhodopsines sensibles à différentes longueurs d'ondes ! Vient ensuite le poisson-lanterne qui dispose de 5 types de rhodopsines.

A gauche, la rétine des yeux de la dirette argentée (Diretmus argenteus) dispose de bâtonnets contenant 14 types de rhodopsines - un record - qui l'aideraient à percevoir la couleur dans les abysses. A droite, l'une des espèces de poisson-lanterne (Bolinichthys indicus) vivant dans les abysses d'Australie dispose de 5 types de rhodopsines et son corps est couvert d’organites luminescents. Documents Pavel Riha/ U. de Bohème du Sud et Wen-Sung Chung/U.Queensland.

Au total, la dirette argentée présente 24 mutations ayant modifié la fonction de ses protéines de rhodopsines, ajustant chacune d'elles de manière à distinguer une gamme étroite de longueurs d'ondes bleues et vertes - les couleurs de la bioluminescence dont le spectre est plus étendu de ~30 nm que le spectre visible. De plus, selon les chercheurs, le fait que ces pigments soient sensibles à des longueurs d'ondes différentes leur permettrait de distinguer les couleurs dans les abysses et ainsi de mieux détecter leurs proies.

La faune hydrothermale

Certaines créatures abyssales témoignent aussi d'une étonnante faculté d'adaptation. Depuis 1974, sous le feux des projecteurs sous-marins, les chercheurs découvrirent vers 2500 m de profondeur des îlots de vie grouillant d'activité. Près des fumeurs jaillis des entrailles de la Terre on découvrait la survivance d'une grande variété de créatures : crustacés, poissons, éponges, anémones, vers tubicoles, souvent de grandes tailles, et des milliers de crevettes dont on ignorait tout quelques années auparavant !

Les rapports des chercheurs sont éloquents[5]. Une foison de bactéries éocytes ont été découvertes par 2600 m de profondeur, au large de la faille de l'archipel des Galápagos. Elles se nourrissent des produits chimiques que leur apportent les cheminées actives (des fumeurs noirs, des fumeurs blancs et des évents hydrothermaux) qui sont les équivalents sous-marins des geysers terrestres. Les fluides portés à plus de 300°C (sans pour autant bouillir vu la pression élevée qui règne dans ce milieu) sont riches en minéraux.

A voir : Hydrothermal vents in the deep sea

Lau Basin - SrOF 2012 - Black smoker (volcan de Mata Ua, -2100 m, Tonga)

Hydrothermal Vents: 2016 Deepwater Exploration of the Marianas, Oceanexplorergov

Black smoker (Endeavour Ridge, -2500 m, près de Vancouver, Can.)

A gauche, comparaison entre un évent hydrothermal alcalin de 60 m de haut (gauche) sur le site de "Lost City" et un fumeur noir (droite) dégageant des fluides portés à plus de 300°C riches en minéraux . Au centre, des fumeurs noirs. A droite, des fumeurs blancs dans le bassin de Lau, au large des îles Tonga. Ces concrétions sont riches en roches minérales et les monts sous-marins sont couverts d'encroûtement cobaltifères qui intéressent les exploitants miniers. Une zone de plusieurs centaines de mètres peut contenir 5 à 17 millions de tonnes de roche minérale, y compris sous forme de nodules polymétalliques. Selon les sites, ils contiennent (20-40% de fer, 10-20% de cuivre, 10-20% de zinc ainsi que des quantités plus réduites d’argent, d’or, de cobalt, de plomb, de baryum, de cadmium, d’antimoine, de mercure, de terres rares, etc. S'il n'existe pas encore de code minier des fonds marins, la gestion des fonds marins et leur sous-sol dépend de la Convention des Nations Unies sur le droit des mers (UNCLOS). En l'absence d'énergie lumineuse, ces sociétés organiques captent l'énergie du milieu grâce à la chimiosynthèse, oxydant les composés sulfureux. Documents N.Lane (2015),MARUM Research Center Ocean Margins/U.Brême et Ifremer.

Sur la dorsale médiane de l'océan Atlantique, par 3650 m de profondeur et 315°C, on découvre des vers Riftia pachyptila d'1.80 m de long regroupés en bouquets dans de longs tubes faits de chitine qu'ils secrètent. Découverts en 1985, ces vers appartiennent à un nouvel embranchement zoologique, les vestimentaires. Dépourvus de tube digestif, de bouche et d’anus, ces vers tubicoles géants extrêmophiles et barophiles sont munis de branchies rétractables rouges vives remplies d'hémoglobine. Ils sont directement nourris par les bactéries qu'ils abritent dans leurs tissus fortement vascularisés. Ces bactéries oxydent les composés sulfureux, réalisant non plus la photosynthèse à partir de l'énergie solaire mais une chimiosynthèse[6] à partir de l'énergie chimique ! Ces bactéries sont polyvalentes et métabolisent également les composants ammoniaqués, le fer et le manganèse.

A l'inverse, sans même évoquer la température ou la pression, des crustacés ordinaires ou un homme respirant ces effluves sulfureuses mourrait en quelques minutes. En effet, le soufre de l'hydrogène sulfureux remplace l'oxygène et se fixe sur l'hémoglobine, bloquant la respiration. La victime succomberait par suffocation.

A quelques brasses survivent des sortes de boutons, les fossiles vivants d'une espèce qui s'est éteinte il y a 70 millions d'années dans les Alpes. Un peu plus loin, dans les abysses du sud-ouest Pacifique, des poissons, des crabes, des astéries (étoiles de mer), des anémones et des spirographes (vers annelés) vivent par 5200 m de profondeur dans un milieu hyperdense porté à une température de 350°C. Ces organismes supportent une pression de 525 atmosphères qui réduirait n'importe quel organisme terrestre à l'épaisseur d'une feuille de papier ! Adaptés à cet environnement hostile, ils lui sont aussi inféodés et mourraient en quelques heures s'ils remontaient en surface.

Sur le site de "Lost City" (la ville perdue) situé sur le Massif Atlantis au milieu de l'Atlantique nord, on a découvert des cheminées hydrothermales hautes de 60 mètres et d'innombrables structures verticales faites de concrétions minérales âgées de 120000 ans. Autour des cheminées actives, on dénombre 500000 organismes par mètre carré. A d'autres endroits, les cheminées hydrothermales ou les fumeurs s'élèvent à 30 m de hauteur et sont couverts de vers Riftia pachyptila, de crevettes Rimicaris exoculata et de crabes blancs couverts de bactéries filamenteuses dont ils se nourrissent.

A voir : Hydrothermal vents: Explore a bizarre deep ocean habitat, MBARI, 2021

The Lost City and the Origin of Life | Weird Places

40 Years of Hydrothermal Vent Exploration | Nautilus Live, EVNautilus

Black smokers and deep-sea creatures of Longqi Vent Field, Expeditionlog

Ci-dessus à gauche, une colonie de vers tubicoles Riftia pachyptia profitant des émanations des fumeurs noirs portées à 342°C sur la crête océanique de Juan de Fuca, au large de l'État de Washington et de l'île de Vancouver. Ce vers tubicole extrêmophile et barophile est une espèce plus petite que celle vivant près des fumeurs noirs de la faille des Galápagos. Voici une vidéo du WHOI de l'un de ces fumeurs noirs de Juan de Fuca (.MOV de 1.4 MB). A droite, gros-plan sur des vers Riftia pachyptila dans leur tube protecteur fait de chitine. Ci-dessous, des vers Riftia pachyptia vivant près de la faille des Galápagos. A droite, anatomie d'un vers tubicole géant. Documents NOAA, Discovery Channel, NOAA/Flickr et Tangled Bank Studios.

Si la macrofaune abyssale et notamment les poissons trouvent leurs moyens de subsistance en chassant de plus petites proies ou attendant que la nourriture tombe de la surface, les plus petites créatures n'ont pas cette faculté et se sont habituées à se nourrir de bactéries car, comme de mauvaises herbes, elles recouvrent tout de filaments blanchâtres, leur donnant un aspect duveteux ou velu, et se renouvellent en quelques jours.

Comme sur terre, on trouve dans les abysses des "brouteurs", l'équivalent des herbivores comme les crustacés, les escargots et les moules, des prédateurs, des charognards et des mangeurs de détritus parmi lesquels les crevettes, les crabes et quelques poissons adaptés à cet environnement. Etant donné que la pleine mer est pauvre en aliment, cette faune vit sur le fond ou près du fond et si possible là où la nourriture est abondante.

Parmi cette faune étonnante, certaines espèces de crevettes[7] telle Rimicaris exoculata reconnaissables à leur grosse tête, n’ont pas d’yeux mais des sortes d’ocelles sensibles au rayonnement proche infrarouge des fumeurs abyssaux. La physiologie sensorielle de cette crevette est extraordinaire et sa nature reste encore en partie inconnue. Mais depuis les années 2000, nous avons appris beaucoup de choses stupéfiantes sur ce petit animacule symbolique de la faune hydrothermale.

Comme le rappelle l'Ifremer, Rimicaris fut découverte en 1986 sur le site TAG situé à 3600 m de profondeur sur la dorsale Atlantique. Cette crevette qui atteint 5.5 cm à l'âge adulte vit entre 1700 et 4000 m de profondeur près des fumeurs dans une eau tiède (10-40°C) mais portée localement à plus de 300°C tout près des cheminées volcaniques actives. Bien sûr, elle évite de s'y brûler les pattes et comme la majorité des animaux marins, elle ne supporte pas plus de 38°C. Cette crevette vit en colonies rassemblant jusqu'à 3000 individus par mètre carré sous des pressions supérieures à 170 atmosphères et envahies de molécules en théorie toxiques.

Essaim de crevettes Rimicaris exoculata. Document Ifremer, campagne Exomar 2005.

Il a longtemps été difficile d'étudier ces crevettes car les chercheurs ne disposaient pas d'installations hyperbares adaptées à leur survie. Aussi, la plupart des spécimens mouraient en remontant en surface sous une pression normale. Les chercheurs de l'Ifremer ont dû fabriquer des containers de capture pressurisés et des mini-aquariums également pressurisés en acier inoxydable supportant au moins 500 bars équipés de hublots épais en sapphire pour les étudier vivantes mais même ainsi elles ne survivent pas plus de quelques jours.

Pendant des années, les scientifiques ont cru que ces crevettes à grosse tête se nourrissaient en ramassant les bactéries abritées dans leurs branchies. Mais la réalité est plus surprenante. Les Rimicaris ne mangent pas. Elles vivent en symbiose avec des bactéries logées dans leurs branchies. En effet, Rimicaris a l'habitude de faire des aller-retour entre les fumeurs chauds et des zones plus supportables. Pendant leur transit près des fumeurs, les bactéries qu'elles abritent se nourrissent des éléments dont elles ont besoin, y compris les gaz toxiques et les métaux lourds et les métabolisent, rejetant des éléments moins toxiques, raison pour laquelle on dit qu'elles détoxifient l'environnement. Les éléments transformés par ces bactéries constituent la nourriture des Rimicaris qui s'en nourrissent par diffusion des molécules directement à travers leur tégument (leur peau) dans leur sang et donc sans passer par leur tube digestif. 

Cette manière de diffuser la nourriture dans le sang rappelle un autre mécanisme que nous connaissons bien : le fonctionnement des intestins qui abritent également une faune microbienne spécialisée qu'on peut qualifier d'extrêmophile étant donné les conditions de leur survie (notamment l'obscurité, les variations d'acidité et de la variété des aliments) et dont la nourriture diffuse directement dans le sang.

Les moules modiol présentent également une adaptation étonnante. Ces moules vivent en grappes et pullulent littéralement sur le site des fumeurs de Luky Strike situé au sud-est des Açores et d'autres geysers sous-marins situés à moins de 2000 m de profondeur. Mais à l'inverse des moules ordinaires, les modiols présentent de très grande branchies très serrées. Ces branchies abritent une véritable colonie de bactéries qui ont trouvé là un milieu protégé à température stable et un restaurateur qui les sert directement à domicile ! En effet, en filtrant l'eau à proximité des fumeurs, les moules alimentent leurs bactéries symbiotiques qui, en échange, fournit de la nourriture transformée permettant à la moule de vivre. Ainsi, des expériences ont montré que si on éloigne les moules des fumeurs, les bactéries disparaissent et les moules meurent en 2-3 jours. Cette symbiose est donc vitale pour la survie des deux espèces.

Ces crevettes et ces moules sont deux exemples remarquables d'adaptations réciproques et de symbiose totale avec des bactéries extrêmophiles qui permet à ces deux espèces de survivre dans un milieu extrême.

A consulter : Global Distribution of Hydrothermal Vent Fields, WHOI

Gros-plan sur des crevettes Rimicaris exoculata vivant près des fumeurs sous-marins sur la dorsale Atlantique. Documents Rutgers et Ifremer, compagne Serpentine 2007.

Enfin, il n’y a pas si longtemps encore, on n’imaginait pas que la vie puisse se développer sans photosynthèse bactérienne. Depuis la découverte des lueurs hydrothermales ces idées préconçues ont été balayées. Des calculs ont démontré que les lueurs émises par les fumeurs pouvaient produire assez de lumière pour assurer une photosynthèse, même si le processus est plus lent. Si de telles bactéries existent, on pourra en déduire que la vie n’est pas tributaire de la lumière d'une étoile comme le Soleil mais qu’elle peut parfaitement évoluer dans les profondeurs des océans ou des grottes englouties, où la vie a pu apparaître.

Ceci dit, l’eau de mer absorbant fortement la lumière, il est possible que ces bactéries périssent si elles s’écartent de plus de quelques centimètres des évents. C’est un véritable problème scientifique car la température au sortir des évents est quatre à cinq fois supérieure aux tolérances maximales des bactéries photosynthétiques. Le gradient thermique peut varier de 350°C sur quelques centimètres de distance. On n'est donc pas étonné de découvrir des crevettes ou des crabes dont la carapace est brûlée ou endommagée après s'être aventurés un peu trop près des évents bouillants. Malgré tout, dans ce milieu extrême, il existe des havres de paix peuplés de créatures étranges aux pouvoirs extraordinaires.

Finalement on retrouve dans les profondeurs des mers une symbiose entre bactéries, invertébrés et macrofaune qui conduit à une vie autonome, totalement indépendante du rayonnement solaire au-delà de 100 m de profondeur. La découverte de cette faune originale témoigne que la vie put apparaître dans les océans, où l'environnement n'était pas agressé par le rayonnement ultraviolet et le poison que constituait originellement l'oxygène. D'ailleurs les molécules prébiotiques ont été découvertes près des fumeurs noirs et autres évents hydrothermaux.

Des sources hydrothermales offrant des conditions physico-chimiques multiples nous rappellent que ce milieu est celui du laboratoire naturel de la vie, un milieu unique qui n'a fondamentalement pas varié depuis 3.7 milliards d'années, époque de sa formation. On reviendra dans un autre article sur conditions régnant sur la Terre primitive et les différentes étapes de l'évolution de la vie.

Les bactéries mangeuses de métaux

Les rusticles et les Halomonas titanicae

On trouve également dans les océans des bactéries aérobies métabolisant le fer, notamment à 3800 m de profondeur, sur l'épave du Titanic. En effet, des microbiologistes ont découvert sur toute la coque du Titanic des "rusticles" comme les a appelés Robert Ballard, c'est-à-dire des concrétions de rouille ("rusticle" est formé par la contraction de "rust" (rouille) et "icicle" qui est une sorte de stalactite qu'on retrouve sur les épaves similaire à celle de la glace qui se forme sur les branches). Ces rusticles contiennent des bactéries mangeuses de fer y compris une nouvelle espèce appelée Halomonas titanicae découverte en 2010 que l'on voit ci-dessous à gauche. Ces bactéries transforment chaque jour entre 0.13 et 0.20 tonne de fer en rouille et biocolloïde jaune (dans ce cas, des slimes). A ce rythme, l'épave pourrait être totalement transformée en rouille rouge et biocolloides d'ici 280 à 420 ans.

A gauche, Halomonas titanicae. A droite, une colonie de bactéries Metallireducens (vert) grossie 3600x ne nourrissant d'oxyde de fer mais elles peuvent aussi métaboliser le minerai d'uranium. Documents anonyme et Derek Lovley/U.Mass.

Metallireducens et Geobacter

Ailleurs on découvre des bactéries Metallireducens comme celles présentées ci-dessus à droite qui métabolisent les métaux y compris l'uranium. D'autres comme les Geobacter anaérobies qui vivent notamment dans les sédiments des rivières peuvent éliminer le pétrole des eaux polluées et même convertir les déchets organiques en électricité. Ces bactéries ont déjà trouvé des applications. Comme l'a montré Derek Lovley de l'Université du Massachussetts et son équipe dans la revue la "Nature Nanotechnology" en 2011, les Geobacter sulfurreducens peuvent se développer sur des électrodes et agir comme des transistors. Elles produisent des filaments de protéines conducteurs d'électricité qu'on peut utiliser comme biofilm conducteur.

L'adaptation des plantes

A l'ombre ou la semi-obscurité

Il existe des fleurs dans le désert du Namaqualand en Afrique du Sud qui ne s'ouvrent qu'en plein Soleil et se referment lorsque le ciel est couvert. L'ibiscus est également très sensible à la lumière et se referme lors des éclipses totales de Soleil.

A l'opposé, comme les fougères (Filicophyta), il existe près d'une vingtaine de fleurs dites d'intérieur (Adiantum fragrans, Bromélia, Calathea ornata, Cyperus à feuilles alternes, Dracaena, Ficus pumila, Langue de belle-mère, Palmier de montagne, Philodendron, Polystic à épées, etc) qui se contentent de lumière indirecte.

Les mousses sont capables de survivre avec très peu de lumière. On connaît notamment les différentes formes de mousses aux couleurs vertes, brunes, jaunes ou turquoises qui se développent sur les parois des grottes ou des tunnels humides éclairés par des ampoules de quelques watts.

Il y a également une fleur, la "Rose de Noël" ou Poinsettia présentée à droite dont la particularité est de produire de plus belles feuilles rouges lorsqu'elle est plongée au moins 14 heures par jour dans l'obscurité. Elle ne développe donc son bouquet de feuilles et parfois ses fleurs qu'entre septembre et mars. C'est la seule plante qu’on met avec succès dans un placard durant plusieurs mois et qui en ressort ragaillardie ! Mais comme toutes les plantes, elle a toujours besoin d'eau, qu'il faut néanmoins réduire lorsqu'elle commence à perdre ses feuilles, signe de repos.

Photosynthèse jusqu'au proche infrarouge

Chez tous les végétaux, les algues et les cyanobactéries, la photosynthèse est assurée par le pigment vert de chlorophylle a. Elle est efficace dans le spectre visible entre 400 et 680 ou 700 nm comme on le voit ci-dessous. Jusqu'à présent, au-delà de 700 nm on estimait que la quantité d'énergie était insuffisante pour que la chlorophylle a puisse absorber correctement les photons et transformer l'énergie en substances biochimiques et produise de l'oxygène. Par conséquent, jusqu'à preuve du contraire on pensait que cette "limite rouge" était universelle. Mais une découverte a récemment élargi le spectre tolérable, ce qui fait très plaisir aux exobiologistes.

Les pigments chlorophylliens de la chlorophylle a, b et c furent découverts au XIXe siècle puis il fallut attendre 1943 pour que Harold Strain et Winston Manning de l'Institut Carnegie de Washington découvrent la chlorophylle d dans une cyanobactérie épiphyte (appelées à tord algues rouges). Ce pigment absorbe les photons jusqu'à 690 nm et présente une fluorescence maximale à 722 nm.

A voir : Elowan: A Plant-Robot Hybrid

La première plante-robot qui s'oriente toute seule vers la lumière

A gauche, sensibilité des plantes (qui ne représentent pas tous les végétaux) à la lumière. La région 700-745 nm est particulière à certaines cyanobactéries qui possèdent des pigments de chlorophylle d et/ou f. Les réactions les plus intenses s'observent entre 400-680 ou 700 nm. A droite, une colonie de cyanobactéries extrêmophiles Chroococcidiopsis thermalis qui s'accomodent de lumière proche infrarouge à 727 ou 745 nm grâce à un pigment de chlorophylle f. Documents T.Lombry et Dennis Nuernberg et al. (2018).

Puis en 2010, Min Chen de l'Université de Sydney et ses collègues annoncèrent dans la revue "Science" la découverte d'un cinquième pigment, la chlorophylle f dans des échantillons de stromatolites (formés de couches de cyanobactéries mélangées à du carbonate de calcium et des sédiments) trouvés dans les eaux de Hamelin Pool à Shark Bay dans l'ouest de l'Australie. Ces cellules furent ensuite mises en culture sous des LED proche infrarouge où les chercheurs découvrirent que ce pigment présente un maximum d'absorption à 706 nm et une fluorescence à 722 nm. Cela signifie que les organismes qui disposent de ce pigment peuvent étendre leur activité photosynthétique pour optimiser l'utilisation de l'énergie solaire ou se contenter du faible rayonnement proche infrarouge si la lumière est filtrée ou si le spectre se décale vers les plus grandes longueurs d'ondes.

La chlorophylle f utilisée par ces organismes leur apporte 10% d'énergie supplémentaire et joue donc un rôle secondaire dans la synthèse chlorophyllienne.

Ensuite, Qian-Zhao Xu de l'Université d'Agriculture de Huazhong et ses collègues rapportèrent en 2016 dans la revue "Science" la découverte chez la cyanobactérie extrêmophile Chroococcidiopsis thermalis de chromophores sensibles jusqu'à 722 nm et donc une adaptation étendue au rouge par rapport à la majorité des cyanobactéries.

Mais c'est l'équipe de Bill Rutherford de l'Imperial College de Londres qui annonça en 2018 dans la revue "Science" la découverte chez la même cyanobactérie Chroococcidiopsis thermalis de pigments de chlorophylle f qu'elle utilise essentiellement pour se nourrir lorsqu'elle se trouve à l'ombre ou exposée à un rayonnement proche infrarouge. En effet, placée dans un milieu de culture exposé à la lumière, cet organisme ne présente pas d'absorption ou de fluorescence particulière alors que sous une lumière proche infrarouge de 727 ou 745 nm cette cyanobactérie réalise la photosynthèse d'une manière tout à fait inattendue. C'est actuellement la sensibilité photochimique naturelle la plus éloignée de la "limite rouge" conventionnelle.

Cette découverte est très importante dans le cadre de la recherche de formes de vie dans des environnements extrêmes et notamment sur Mars où ce type de bactérie pourrait produire de l'oxygène et créer une biosphère. Cette découverte élargit également la zone habitable potentielle vers les longues longueurs d'ondes, du moins pour les cyanobactéries, un premier pas vers la complexité.

Les plantes hétérotrophes et les végétaux symbiotiques

Nous savons que certaine plantes potagères ou légumes possèdent des racines formant des tubercules (pomme de terre, carotte, betterave, radis, manioc, igname, ramonache, etc) qui ne se développent qu'enterrés et donc à l'abri de la lumière. Ils permettent à la plante de constituer des réserves qu'elle utilisera en hiver ou pendant la saison sèche. Ce sont les feuilles de la partie aérienne qui assurent la photosynthèse.

Même les plantes qui ne supportent pas le rayonnement solaire direct comme les endives (chicons, Cichorium intybus) ou vivent à l'ombre comme les fougères, le Spatifillum, l'Apidistria, la Clivia et de nombreuses épices (menthe, persil, ciboulette, cerfeuil, mélisse, origan, etc) réalisent la photosynthèse.

Il existe toutefois quelques plantes qui ne réalisent pas de photosynthèse, ce sont les plantes hétérotrophes comme la cuscute de la famille du liseron qui parasite notamment la luzerne, les betteraves, les carottes et d'autres légumineux - c'est l'une des ennemies des jardiniers et des fermiers - et l'Hydnora africana présentées ci-dessous.

A gauche, une des 170 espèces de custute. Au centre, une fleur d'Hydnora africana dans le désert du Karoo en Afrique du Sud. A droite, les pétales ouvertes de l'Hydnora africana. Documents Yogesh via Hortus Focus et Flickr du domaine public.

L'Hydnora africana est une plante à fleur parasite qui se fixe sur les racines d'autres plantes pour en extraire les nutriments. Elle vit dans les régions très sèches d'Afrique australe et développe ses fleurs sous terre.

Après de fortes pluies, ses fleurs remontent en surface et dégagent une odeur de décomposition pour attirer les coléoptères qui aident à la polliniser. Son fruit ressemble à une pomme de terre et sert de nourriture à différents animaux comme les chacals, les porcs-épics et les taupes.

 Il existe également des végétaux symbiotiques qui n'assurent pas eux-mêmes la photosynthèse comme les mycorhizes qui résultent de la symbiose entre un champignon et les racines d'une plante et les lichens qui résultent de l'association d'un champignon et d'une algue.

Prochain chapitre

Les slimes, les inclassables

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[5] J.Corliss et al., Science, 203, 1979, p1073 - S.Miller/L.Bada, Nature, 334, 1988, p609 - V.Tunnicliffe, Proceedings of the Royal Society of London, B, 233, 1988, p347.

[6] H.Jannasch, Proceedings of the Royal Society of London, 225, 1985, p277.

[7] J.Travis, Science, 259, 1993, p1123. Voir aussi le blog de l'Ifremer.


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